Hra se odehrává na skupině ostrovů v rozlehlém moři, což je výchozí bod pro sérii. Hráč ovládá hlavního hrdinu seriálu Linka, když se pokouší zachránit svou sestru před čarodějem Ganonem a zaplete se do boje o Triforce, posvátnou relikvii plnící přání. S pomocí spojenců včetně pirátské kapitánky Tetry – inkarnace princezny Zeldy – a mluvící lodi jménem Král červených lvů se Link plaví po oceánu, prozkoumává ostrovy a prochází kobkami, aby získal sílu nezbytnou k poražení Ganona. Vítr, který usnadňuje plavbu, hraje významnou roli a lze jej ovládat kouzelným dirigentským obuškem zvaným Wind Waker. (Přidal: TradeCZ)